《海物语》讲述那里是能够映照出耀目阳光的海底，是以人类姿态并且纯洁无垢的少女、跟鱼类共同生活的地方。名为玛琳女孩，是居住在海的世界里，跟妹妹乌琳一样对空中（地上）世界充满憧憬的海人。有一天，一只美丽的戒指落入海的世界里。玛琳和乌琳两姐妹为了把戒指交还给原本的拥有者而初次离开了海的世界。两人好不容易的来到了一个周边被海所包围的小岛。有一位名叫夏音的女子高中生在这个在小岛上生活着。她是一名性格阴暗的少女，之前被男朋友法兰欺骗，现在对日常生活均不抱任何希望。而事实上夏音正是玛琳她们在寻找的戒指的主人。因命运而相遇的玛琳和夏音，不久后隐藏在两人体内的神秘力量觉醒了。化身为“海之巫女”和“空之巫女”的玛琳和夏音，从此对覆盖世界的“黑暗”展开挑战…