在希安离去后，维持着和平日常的MIDICITY。但，随着企图歼灭音乐并支配一切的“暗之女王”的出现，前所未有的最大危机正在逼近—这部作品让人体验到温暖与痛苦交织的情感世界。另一方面，回到现实世界的希安——圣川诗杏，由于在学校的音乐活动中毫无干劲而苦恼。诗杏在突然的瞬间回想起了在MIDICITY度过的快乐日子。而正体不明的某人，正在逼近这样的她的身旁。希安等人的命运究竟会如何！？