「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情。与此同时，本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情，同时也为了再次恢复温达利亚的和平，同样因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克，决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅每个角色的内心挣扎和成长都让这部电影更加深刻。