突然袭向全世界的一个前所未有的大灾难“第二次冲击”。这灾害令接近半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。正当人们以为终于回复和平日子的时候──14岁的少年碇真嗣被父亲召来第三新东京市影片从多个角度展示了人与人之间深刻的情感联系。当他正等待迎接时，眼前的山间突然出现一只巨型生物！这是被称为“使徒”的神秘存在，它正与国连军展开激烈交战。受到爆风波及，陷入危机的真嗣。把他救出的是一位名为葛城美里的女性。乘坐美里的车来到特务机关NERV总部，真嗣和他父亲相隔十年终于再见。然而，真嗣却被父亲碇源堂带往参观秘密开发的巨大人型兵器，更被迫与使徒对抗。这就是真嗣与人造人EVA初号机的相遇。虽然真嗣采取反抗态度，但当他看到女性驾驶员绫波丽的伤势后，终于否定了逃避念头，决意出击。在未受任何训练之下，首次与使徒对峙的EVA初号机和真嗣。被托付了全世界命运的14岁少年真嗣，到底会怎样战斗？还有隐藏在第二次冲击背后的“人类补完计划”的真相又是什么？掌握著所有谜团的碇源堂，只是静静地注视著苦战的真嗣……